1. 人类的存在意义：新世纪福音战士聚焦于主角碇真嗣和其他使徒的少年，他们被招募为使徒，与使徒战斗。在战斗中，人类的存在意义成为一个重要的主题，人们不禁思考自己的目的和价值观。

2. 心理健康：主角们经历了巨大的心理压力和创伤，他们被迫面对自己内心的深处和黑暗的一面。这引发了对心理健康问题的思考，例如人格分裂、抑郁和自我认同等问题。

3. 父母关系：碇真嗣和他的父亲碇源堂之间的复杂父子关系是该系列的一个重要线索。这引发了对父母对子女成长的影响、父母对子女的期望、父母与子女之间的沟通等议题的思考。

4. 社会观念与价值观：新世纪福音战士中展示了一个虚构的世界，这个世界的社会观念和价值观与现实世界存在差异。观众们被引导去思考这个虚构世界中的社会结构、政治体系和个人自由等议题。

5. 科技进步与道德：该系列中的科技进步展示了机器人技术和人类进化等先进技术。这引发了对科技进步与道德的思考，例如人类是否应该超越自然界的限制、科技进步是否会导致人类的道德堕落等问题。

以上是新世纪福音战士所涉及的一些主要问题。通过观看这部作品，人们不仅能够享受精彩的故事情节和精美的动画，还能够在思考这些深刻的问题中得到启发和思考。